فلسفه اصلي مخفي بودن قبر حضرت زهرا سلام الله عليها مربوط مي شود به وقايع و جسارتهايي که از طرف خلفاي وقت و اطرافيان خلفا، به آن بزرگوار وارد شده بود، در اين زمينه نقل شده است که حضرت زهرا(س) زماني كه وقت رحلتشان نزديك شد و در بستر به حالت احتضار بسر مي‌بردند، حضرت علي ـ عليه السّلام ـ بر بالاي بسترشان آمدند و بعد از صحبتهايي كه با همديگر كردند، حضرت فاطمه(س) اجازه خواستند تا چند وصيّت به همسرشان علي ـ عليه السّلام ـ كنند.( حجه اللّه النجفي الرضوي الاميري، احتجاج الزهرا فاطمه، انتشارات فروزان، چاپ دوم، ص210 )
از جملة وصاياي حضرت زهرا(س) به علي ـ عليه السّلام ـ اين بود كه فرمودند: اي پسرعمو! اگر تا چند ساعت ديگر از دنيا رفتم جنازه‌ام را شبانه تشييع كن و مراسم تشييع مرا اعم از غسل و كفن و نماز خواندن و دفن كردن بايد در محيطي مخفي و پنهان انجام دهيد و فقط به كساني اجازه در تشييع دهيد كه ظلم و جفا نسبت به من روا نداشته‌اند و حتّي به يك نقل، حضرت زهرا(س) تصريح كردند كه نگذاريد ابي‌بكر و عمر بر من نماز بخوانند و در تشييع جنازه من شركت كنند. حال بحث در اين‌است كه علّت اجازه ندادن حضرت زهرا(س) در مراسم تشييع حضرت بيانگر چيست؟
يقيناً حضرت زهرا(س) با اين كارشان مي‌خواستند بار ديگر همانند جريان فدك مبارزه‌ي جديدي را با وصيّت‌نامة سياسي خويش شروع كنند كه ضربة سهمگيني به حكومت وقت وارد سازند. (خشاوي، شهين، زندگاني سياسي حضرت زهرا(س)، تهران، نشر عابد، چاپ اول، 1378، ص 280).
فاطمة اطهر(س) با وصيّت خويش افكار خفتة مردم مدينه را بيدار مي‌ساختند و توجه افكار عمومي را نسبت به پايمال كردن حقّ خويش جلب مي‌كردند( عاملي، سيد جعفر مرتضي، رنجهاي زهرا(س)، ترجمة محمد سپهري، قم، نشر ايام، چاپ اول، 1378، ص 223).
اميرالمؤمنين با عمل به وصيّت زهرا(س) اذهان جامعه را دچار شك و ترديد كردند و مشروعيت خليفه را زير سؤال بردند و مظلوميت حضرت زهرا(س) را بيشتر آشكار ساختند و اين سؤال را هميشه براي همگان مطرح كردند كه چرا قبر زهرا(س) مخفي مانده است.
بدين طريق زمانيكه حضرت زهرا(س) از دنيا رفتند مردم سراسيمه به خانة حضرت زهرا(س) مي‌آمدند و منتظر بيرون آمدن جنازه بودند كه علي ـ عليه السّلام ـ به ابوذر فرمودند: برو و با صداي بلند اعلام كن كه برگردند چرا كه تشييع جنازة دختر رسول‌خدا امشب صورت نمي‌گيرد و به تأخير افتاده‌است. مردم كه متفرق شدند حضرت علي ـ عليه السّلام ـ با كمك اسماء بدن حضرت را غسل و كفن كردند و در نيمة شب با عده‌اي از نزديكان و ياران خويش كه عبارت بودند. از: سلمان، ابوذر، مقداد، عمار، عباس و زبير و چند تن ديگر به همراه علي ـ عليه السّلام ـ جنازة دختر رسول‌خدا را شبانه تشييع كردند و شبانه به خاك سپردند و حضرت علي ـ عليه السّلام ـ قبر حضرت فاطمه(س) را هم‌سطح زمين كردند و حتي روايت شده در چند نقطه در بقيع حضرت، قبر درست كردند تا دشمنان متوجه نشوند كه قبر حضرت فاطمه(س) كدام‌يك است و اين راز مخفي ‌ماندن قبر فاطمه(س) براي هميشه مانده است و كساني هم كه حضور داشتند ديگر بعدها محل اختفاء قبر فاطمه(س) را بيان نكردند. (مجلسي، محمدباقر، بحارالانوار، ترجمة محمدجواد نجفي، انتشارات اسلاميه، 1354، جلد دهم، ص 195).
دانشمند ارجمند جعفر شهيدي مي نويسد: ... به هر حال پنهان داشتن قبر دختر پيغمبر ناخشنود بودن او را از کساني چند نشان مي دهد و پيداست که او (فاطمه زهرا(س)) مي خواسته است با اين کار آن ناخشنودي را آشکار سازد.( جعفر شهيدي، زندگاني حضرت فاطمه، ص 165).
بنابراين با توجه به مطالبي که عرض شد، علت مخفي ماندن قبر آن حضرت را مي توان در امور زير خلاصه كرد:
1. اينكه، دشمنان و غاصبان حق آن مظلومه به قبر آن حضرت دسترسي نداشته باشند تا روزي در صدد نبش آن برنيانيد.
2. اينكه، خود آن حضرت خواستند كه شبانه و مخفيانه، دفن شوند كه به تبع آن قبرشان مخفي بماند.
3. با توجه به محتواي وصيت ايشان در مورد دفن آن حضرت؛ مي توان گفت كه مي خواستند با اين كار، افكار عمومي را بيدار كرده و مردم را نسبت به ظلم حكام زمانشان نسبت به ايشان و علي(ع)، آگاه سازند، و لذا، اين سوال را که چرا قبر حضرت فاطمه(س) مخفي ماند را براي هميشه در اذهان مردم زنده نگه دارند.
همچنين با توجه به مطالبي که عرض شد علت شبانه دفن شدن حضرت زهرا نيز روشن شد، آنحضرت تا آخرين لحظات عمر شريفشان دست از مبارزه براي احقاق حق و ياري اميرالمومنين بر نداشت و نارضايتي خود را از مردم بيعت شکن مدينه آشکار کرد چنان که حضرت در بستر بيماري از مردم شکايت نموده و فرمود: به خدا دنياي شما را دوست نمي دارم و از مردان شما بيزارم! درون و بيرونشان را آزمودم و از آنچه کردند ناخشنودم!‌ ... نفرين بر اين مکّاران... واي بر آنان! چرا نگذاشتند حق (ولايت امام علي) در مرکز خود قرار يابد و خلافت بر پايه هاي نبوت استوار ماند؟.( اعيان الشيعه، ج 2، ص 469؛ بحارالانوار، ج 43، ص 206 - 207؛ جعفر شهيدي،‌زندگاني حضرت فاطمه(س)، ص 150 – 151).
از امام صادق(ع) سؤال شد که چرا حضرت زهرا (س) شبانه دفن شد؟ حضرت فرمود: لانّها أوصت أن لا يصلّي عليها الرّجلان العربيان؛(علل الشرايع، ج‏1، ص185، الصدوق، تحقيق: السيد محمد صادق بحر العلوم؛ مناقب ابن شهر آشوب، ج 1، ص 504): حضرت زهرا (س) وصيت نمود که آن دو مرد (ابوبکر و عمر) بر او نماز نخوانند. امام علي(ع) نيز طبق وصيت فاطمه زهرا (س) عمل نمود و او را شب دفن نمود.( طبقات الکبري، ج 8، ص 18 – 19) در صحيح بخاري آمده است: شوي او شبانه او را به خاک سپرد و رخصت نداد تا ابوبکر بر جنازة‌ او حاضر شود.( صحيح بخاري، ج 5، ص 177).
مرحوم صاحب مدارك رضوان الله تعالى عليه مى‌گويد: علت مخفى بودن محل دفن فاطمه سلام الله عليها آن گونه كه مخالف و موافق نقل كرده‌اند اين است كه آن حضرت به اميرمؤمنان عليه السلام سفارش كرد تا او را شبانه دفن كند تا آنان كه او را اذيت كرده‌ و از ارث پدرش محروم كرده بودند بر وى نماز نخوانند. (الموسوي العاملي، السيد محمد بن علي (متوفاي1009هـ)، مدارك الأحكام في شرح شرائع الاسلام، ج 8، ص279، نشر و تحقيق مؤسسة آل البيت عليهم السلام لإحياء التراث، الطبعة: الأولي، 1410هـ).
بنابراين، با اين وصيت، حضرت زهرا(س) خواست نارضايتي خود از مردم، (به ويژه ابابکر و عمر) را اعلام نموده و افکار عمومي را در طول تاريخ به اين نکته جلب کند که دختر پيامبر از برخي مسلمانان راضي نبوده و دستگاه غاصب حکومت نسبت به خاندان پيامبر(ص) ستم روا داشته است. هم چنين از اين طريق، مظلوميت حضرت علي، غصب خلافت او و غصب فدک فهميده شود.
همچنين شبانه دفن شدن حضرت اين پرسش را در اذهان عمومي به وجود مي آورد که چرا تنها باقيمانده و يادگار پيامبر اسلام(ص) با آن عظمت شبانه دفن شد؟ مگر چه ستمي بر او روا داشته شده است؟
به هر حال اين روشن است که حضرت زهرا سلام الله عليها با اين وصيت خود نارضايتي شديد خود را از غاصبان خلافت نشان داده است و اين روايت صحيحه را نيز همه به آن اعتراف دارند که نارضايتي فاطمه زهرا سلام الله عليها مساوي است با نارضايتي پيغمبر خدا صلي الله عليه و آله و نارضايتي پيامبر مساوي است با خشم و غضب خدا. پس غاصبان خلافت به يقين مورد خشم و غضب خدا هستند.